⚠️ OMICRON EST-IL MOINS DANGEREUX QUE LES AUTRES VARIANTS ? 🦠
Tout d'abord, un rapide point sur la situation :
La vitesse de transmission d'Omicron atteint un niveau sans précédent, on estime aujourd'hui que le nombre d'infections atteindra 35 millions de cas par jour à la mi-janvier (contre 13 millions de cas en avril dernier au pic de Delta). 
Modélisation de l'Institute of Health Metrics and Evaluation (IHME) consultable ici 
Blog et briefing ici 
Explications du directeur de l'IHME, le Dr Chris Murray ici 
Je disais donc, Omicron, moins dangereux ? 
Le terme "dangereux" n'est pas un terme très scientifique. Ce que l'on espère, c'est qu'il soit moins virulent. Malheureusement, à l'heure actuelle, nous ne pouvons encore être sûrs de rien. 
Les premières données en provenance d'Afrique du Sud étaient en grande partie anecdotiques. Au fur et à mesure que de plus en plus de données sont arrivées, il semble toujours y avoir un taux d'hospitalisation plus faible en Afrique du Sud pour Omicron par rapport aux vagues précédentes.
Peut-on donc directement conclure que sa virulence est moindre ? 
Et bien non, cette diminution de la gravité en Afrique du Sud pourrait être le résultat de niveaux plus élevés d'immunité de la population (infection naturelle + vaccination) par rapport aux vagues précédentes, plutôt qu'à une caractéristique intrinsèque d'Omicron.
L'Afrique du Sud a déjà été très durement touchée par les précédentes vagues de COVID-19, avec une surmortalité estimée à 230 000 décès sur une population de 59 millions d'habitants (un résultat par habitant pire que les États-Unis, le Royaume-Uni et le Brésil). 
Ainsi, si Omicron infecte plus de personnes qui ont déjà développé un certain niveau d'immunité antérieure, sa virulence semblera donc moins grave au global même si, en réalité, la gravité n'aura pas changé pour les personnes non immunisées. 
Alors j'en vois déjà certains venir dire "AH BAH ALORS MON IMMUNITÉ NATURELLE ELLE MARCHE !" Donc, pimprenelle, tu te calmes, rien n'a changé, l'immunité naturelle est hétérogène, facilite les cas de réinfections (plus que chez les personnes vaccinées donc), diminue plus rapidement, et est moins efficace contre les formes sévères (hospitalisations, décès, tout ça, tout ça).Mais, fatalement, avoir été exposé (et s'en être sorti indemne) constitue un minimum de protection supplémentaire, comparativement à quelqu'un qui n'a jamais été exposé à l'infection.
De plus, il faut aussi tenir compte de l'âge médian des populations d'Afrique du Sud qui est bien inférieur à l'âge des populations dites 'à risques'. 
Côté Royaume-Uni par ailleurs, les données récentes ne montrent « aucun signal » de gravité moindre pour Omicron. 
"OUI MAIS QUAND MÊME, C'EST POSSIBLE QU'IL SOIT RÉELLEMENT MOINS VIRULENT, ET DONC S'IL EST MOINS VIRULENT IL EST FORCÉMENT MOINS DANGEREUX !" J'aimerais bien que ce soit aussi simple Albert, mais c'est malheureusement plus compliqué. Rappelle-toi de ce qu'on a dit sur son taux de transmission : il est bien plus élevé que celui des variants antérieurs. Or, statistiquement, plus d'infections rendent le virus plus dangereux, même dans le cas où ces infections seraient intrinsèquement moins sévères, car elles conduisent fatalement à davantage d'hospitalisations, de décès, et de risques de covid long dans une population qui est donc plus touchée. Illustrons ceci avec des chiffres simples (chiffres sortis tout droit de nul part, pour l'exemple) :
Le petit virus a un taux de létalité de 2% et touche en moyenne 1000 personnes par jour. 
J'aurais donc une vingtaine de morts quotidiennement. 
Maintenant, mon second petit virus a un taux de létalité beaucoup plus faible, disons moitié plus faible, soit 1%. Mais lui, il infecte 3500 personnes par jour. J'ai maintenant un bilan de 35 morts quotidiens. Et je me retrouve une nouvelle fois avec une tension hospitalière rapidement ingérable. 
OUI MAIS BON JE FAIS QUOI ALORS ? J'AI DÉJÀ EU DEUX DOSES ET JE PEUX QUAND MÊME ÊTRE REINFECTÉ ! J'EN AI MARRE ! Et oui, tout le monde en a marre. Toi, moi, les autres, mon chien… Il apparaît clairement qu'Omicron est capable de réinfecter bien plus que ses prédécesseurs, du fait de son échappement partiel aux anticorps et de sa grande capacité de transmission.
Cela dit, être réinfecté lorsqu'on est immunisé, ça cause quand même beaucoup moins de dégâts.
Les données préliminaires indiquent qu'avec le booster, la protection contre les cas sévères se situe aux alentours de 80 à 85,9% (contre 97% contre Delta). Face à Omicron, l'immunité semble en revanche décliner rapidement dans le temps, et nous avons besoin d'un bon mois de données 'in real world' sur les hospitalisations, les entrées en SI et les décès pour évaluer l'impact à long terme du boost sur ce variant. Cela dit, et je le répéterai à chaque post, il faut également prendre en compte l'immunité à médiation cellulaire comme les Tc4 et Tc8 qui ont un rôle extrêmement important et qui semblent donner une réponse robuste et pérenne même face à Omicron, avec 94% des épitopes CD8 et 91% des épitopes CD4 totalement conservés en moyenne (et respectivement 72% et 86% pour Omicron, voir figure 1) :
ET APRÈS ON VA DEVOIR FAIRE 4 DOSES PARCE QUE ÇA VA ENCORE BAISSER, ETC, ETC, ÇA FINIRA JAMAIS ! Peut-être, mais pas nécessairement.Déjà, le fait de réduire la transmission dans une population fortement immunisée va invariablement réduire le R(0) du virus. Or, un R(0) < 1, c'est une épidémie qui s'éteint. À noter également que les rappels vaccinaux sont généralement de plus en plus espacés dans le temps. Et enfin, s'il s'avère que la protection contre les formes sévères, les hospitalisations et les décès perdurent, les cas devraient être de plus en plus bénins dans la population générale, permettant de relâcher la tension hospitalière et rendant donc de nouveaux boosts inutiles.
À terme, il est donc probable que ce virus finisse par devenir aussi gênant qu'un gros rhume :
Sous réserve que suffisamment de personnes soient protégées. À condition que l'on n'assiste pas à l'émergence d'un nouveau variant plus performant (or, on se rappelle : la fréquence de mutation est inversement proportionnelle aux taux de vaccination, parce que c'est pas facile de se répliquer tranquillement quand tout plein de globules blancs veulent te casser la gueule). Pour rappel, ces deux scénarios parmi quatre avaient déjà été envisagés il y a des mois par le conseil SAGE (Scientific Advisory Group of Emergency), c'est le scénario "nouveau variant résistant aux anticorps monoclonaux" qui s'est avéré le bon 
Et voici d'autres sources utilisées pour la rédaction de ce post : Omicron may be less severe in South Africa. That may not be the case for the U.S. UK Data on Omicron 
Studies of Omicron in lung tissue Anticorps neutralisants et Omicron A new Science Perspective reviews recent studies on #COVID19 vaccine breakthrough infections and the efficacy of booster doses in protecting against SARS-CoV-2 variants, such as Delta (figure 2) 
Une illustration de "pourquoi qu'un virus plus contagieux et moins mortel c'est plus pire qu'un virus plus mortel mais moins contagieux" 
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